GPU Using.pdf
۲۹۹.۵۶ کیلوبایت
#اطلاع_رسانی
با سلام و احترام
فایل راهنمای استفاده از GPU به این اطلاعیه پیوست شده است.
در حال حاضر، سامانه سرمد دارای چندین مدل GPU است که قدرتمندترین آنها NVIDIA RTX 4090 است. همچنین، چهار گره (Node) محاسباتی مجهز به پردازندههای Intel Xeon Gold و کارت گرافیک RTX 4090 پس از تکمیل فرایند خرید و نصب تجهیزات، به سامانه افزوده خواهند شد. امیدواریم این توسعه تا پایان تابستان به بهرهبرداری برسد.
همکارانی که به استفاده از GPU نیاز دارند، میتوانند برای آشنایی با نحوه استفاده از این امکانات، به فایل پیوست مراجعه کنند.
با تشکرنقوی
با سلام و احترام
فایل راهنمای استفاده از GPU به این اطلاعیه پیوست شده است.
در حال حاضر، سامانه سرمد دارای چندین مدل GPU است که قدرتمندترین آنها NVIDIA RTX 4090 است. همچنین، چهار گره (Node) محاسباتی مجهز به پردازندههای Intel Xeon Gold و کارت گرافیک RTX 4090 پس از تکمیل فرایند خرید و نصب تجهیزات، به سامانه افزوده خواهند شد. امیدواریم این توسعه تا پایان تابستان به بهرهبرداری برسد.
همکارانی که به استفاده از GPU نیاز دارند، میتوانند برای آشنایی با نحوه استفاده از این امکانات، به فایل پیوست مراجعه کنند.
با تشکرنقوی
۲۸۶
۵:۰۸
#خرابی
با سلام،
به دلایل نامشخص، از امروز مشکل اتصال به سرمد به وجود آمده است. در حال حاضر سیستم به درخواستهای Ping پاسخ میدهد، اما امکان برقراری اتصال از طریق SSH وجود ندارد.
احتمال میرود این مشکل ناشی از اجرای یک Job سنگین روی Head Node یا از دسترس خارج شدن سرویس SSH باشد.
این موضوع روز شنبه بررسی و نتیجه آن اطلاعرسانی خواهد شد.
با تشکر
با سلام،
به دلایل نامشخص، از امروز مشکل اتصال به سرمد به وجود آمده است. در حال حاضر سیستم به درخواستهای Ping پاسخ میدهد، اما امکان برقراری اتصال از طریق SSH وجود ندارد.
احتمال میرود این مشکل ناشی از اجرای یک Job سنگین روی Head Node یا از دسترس خارج شدن سرویس SSH باشد.
این موضوع روز شنبه بررسی و نتیجه آن اطلاعرسانی خواهد شد.
با تشکر
۳۰۷
۶:۳۸
#تعمیرات#اخطار
با سلام و احترام،
متأسفانه اجرای یک محاسبه روی Head Node باعث اشغال کامل حافظه و در نتیجه از کار افتادن سامانه شده بود.
در حال حاضر، Head Node مجدداً راهاندازی (Restart) شده و تمامی نودها نیز دوباره پیکربندی شده و در دسترس قرار گرفتهاند.
هشدار: از تمامی کاربران گرامی درخواست میشود از اجرای هرگونه محاسبه یا کد پایتون روی Head Node خودداری کنند. در صورت مشاهده چنین مواردی، دسترسی کاربر برای مدتی غیرفعال خواهد شد.
در پایان، از زحمات و تلاشهای آقای احمدزاده که زمان زیادی را صرف راهاندازی مجدد سامانه کردند، صمیمانه قدردانی میکنیم.
با تشکرنقوی
با سلام و احترام،
متأسفانه اجرای یک محاسبه روی Head Node باعث اشغال کامل حافظه و در نتیجه از کار افتادن سامانه شده بود.
در حال حاضر، Head Node مجدداً راهاندازی (Restart) شده و تمامی نودها نیز دوباره پیکربندی شده و در دسترس قرار گرفتهاند.
هشدار: از تمامی کاربران گرامی درخواست میشود از اجرای هرگونه محاسبه یا کد پایتون روی Head Node خودداری کنند. در صورت مشاهده چنین مواردی، دسترسی کاربر برای مدتی غیرفعال خواهد شد.
در پایان، از زحمات و تلاشهای آقای احمدزاده که زمان زیادی را صرف راهاندازی مجدد سامانه کردند، صمیمانه قدردانی میکنیم.
با تشکرنقوی
۲۵۳
۷:۵۲
#به_روزرسانی
با سلام و احترام،
تغییرات و بهروزرسانیهای زیر در سامانه انجام شده است:
1. نودهای 13، 17، 18 و 19 که پیشتر در دسترس کاربران نبودند، مجدداً به کلاستر اضافه شدهاند. این نودها از نوع AMD بوده و هر یک دارای 64 هسته پردازشی (CPU Cores) هستند و اکنون مجدداً در اختیار کاربران قرار گرفتهاند.
2. کارتهای گرافیکی NVIDIA GeForce RTX 4090 در نود 25 مجدداً به سامانه اضافه شدهاند (از سامانه خارج شده بودند). در نتیجه، در حال حاضر مجموعاً 4 عدد GPU RTX 4090 در نودهای 25 و 26 در اختیار کاربران قرار دارد.
امیدواریم این بهروزرسانیها موجب افزایش ظرفیت محاسباتی و بهبود عملکرد سامانه برای کاربران گرامی شود.
با تشکرنقوی
با سلام و احترام،
تغییرات و بهروزرسانیهای زیر در سامانه انجام شده است:
1. نودهای 13، 17، 18 و 19 که پیشتر در دسترس کاربران نبودند، مجدداً به کلاستر اضافه شدهاند. این نودها از نوع AMD بوده و هر یک دارای 64 هسته پردازشی (CPU Cores) هستند و اکنون مجدداً در اختیار کاربران قرار گرفتهاند.
2. کارتهای گرافیکی NVIDIA GeForce RTX 4090 در نود 25 مجدداً به سامانه اضافه شدهاند (از سامانه خارج شده بودند). در نتیجه، در حال حاضر مجموعاً 4 عدد GPU RTX 4090 در نودهای 25 و 26 در اختیار کاربران قرار دارد.
امیدواریم این بهروزرسانیها موجب افزایش ظرفیت محاسباتی و بهبود عملکرد سامانه برای کاربران گرامی شود.
با تشکرنقوی
۲۵۸
۷:۵۸
SARMAD_Account_Register.doc
۹۳ کیلوبایت
#اطلاع_رسانی
با سلام و احترام،
با توجه به درخواستهای متعدد دانشجویان و همکاران برای ایجاد حساب کاربری در سامانه سرمد، لازم است به چند نکته مهم توجه شود:
1. تنها اعضای هیأت علمی امکان عضویت و استفاده از سامانه سرمد را دارند.
2. هزینه استفاده از سامانه در حال حاضر، مطابق مصوبه مربوطه (که در فایل مصوبه قابل مشاهده است)، مبلغ ۳۲ تومان به ازای هر CPU ساعت محاسبه میشود. برای یک کاربر با میزان استفاده بالا، هزینه سالانه میتواند حدود ۲۰ تا ۴۰ میلیون تومان باشد که این مبلغ از گرنت پژوهشی استاد کسر خواهد شد.
3. برای درخواست ایجاد حساب کاربری، ابتدا لازم است فرم پیوستشده با عنوان SARMAD_Account_Register.doc تکمیل شود. پس از تأیید و امضای معاونت پژوهشی واحد، یک نسخه از فرم از طریق آدرس ایمیل سامانه سرمد به نشانی زیر ارسال شود:
sarmad.sbu.ac.ir
همچنین نسخه اصلی فرم باید در اختیار معاونت پژوهشی دانشگاه قرار گیرد. تمامی جزئیات و نکات لازم در فایل Word پیوستشده درج شده است.
با تشکر نقوی
با سلام و احترام،
با توجه به درخواستهای متعدد دانشجویان و همکاران برای ایجاد حساب کاربری در سامانه سرمد، لازم است به چند نکته مهم توجه شود:
1. تنها اعضای هیأت علمی امکان عضویت و استفاده از سامانه سرمد را دارند.
2. هزینه استفاده از سامانه در حال حاضر، مطابق مصوبه مربوطه (که در فایل مصوبه قابل مشاهده است)، مبلغ ۳۲ تومان به ازای هر CPU ساعت محاسبه میشود. برای یک کاربر با میزان استفاده بالا، هزینه سالانه میتواند حدود ۲۰ تا ۴۰ میلیون تومان باشد که این مبلغ از گرنت پژوهشی استاد کسر خواهد شد.
3. برای درخواست ایجاد حساب کاربری، ابتدا لازم است فرم پیوستشده با عنوان SARMAD_Account_Register.doc تکمیل شود. پس از تأیید و امضای معاونت پژوهشی واحد، یک نسخه از فرم از طریق آدرس ایمیل سامانه سرمد به نشانی زیر ارسال شود:
sarmad.sbu.ac.ir
همچنین نسخه اصلی فرم باید در اختیار معاونت پژوهشی دانشگاه قرار گیرد. تمامی جزئیات و نکات لازم در فایل Word پیوستشده درج شده است.
با تشکر نقوی
۳۱۳
۱۱:۲۱
با سلام،
به اطلاع میرساند مشکل خطای محاسبات نرمافزار Gaussian در چهار نود AMD که بهتازگی راهاندازی شدهاند، برطرف شد.
با تشکرنقوی
به اطلاع میرساند مشکل خطای محاسبات نرمافزار Gaussian در چهار نود AMD که بهتازگی راهاندازی شدهاند، برطرف شد.
با تشکرنقوی
۲۷۶
۱۲:۴۸
#به_روزرسانی
جزئیات انجام شده و بهینه سازی سامانه توسط ادمین (دکتر آرمین احمدزاده)
پیرو مشکل در عدم دسترسی به نود مستر (و ریست شدن سرور در آخر هفته گذشته) و مشکلات مربوط به دسترسی به فایل ها همراه با تاخیر، بررسی های تخصصی روی وضعیت سرویسهای در حال اجرا، منابع سختافزاری، فرآیندهای مشکوک، وضعیت کش حافظه، سرویس ذخیرهساز شبکه (NFS) و ارتباطات شبکه انجام گرفت. هدف از این گزارش، مستندسازی اقدامات انجامشده برای رفع اشکالات ساختاری، امنیتی و پایداری سیستم است.
1. تحلیل و رفع چالشهای اجرای برنامهها روی نود مستر• شناسایی مشکل: بررسی خروجی پردازندهها حاکی از اجرای مداوم اپلتها و ابزارهای گرافیکی محیط GNOME (مانند wnck-applet، clock-applet، metacity و غیره) با نام کاربری newadmin روی نود مستر بود.• اقدام و نتیجهگیری: در معماری بهینه HPC، نود مستر باید صرفاً به مدیریت صفهای پردازشی (Job Scheduler) و سرویسهای کنترلی اختصاص یابد. اجرای محیط دسکتاپ منابع حیاتی پردازنده و حافظه را اشغال کرده و سطح ریسک امنیتی را بالا میبرد؛ لذا غیرفعالسازی سرویسهای گرافیکی و نشستهای رهاشده (Ghost Sessions) انجام شد.2. ممیزی امنیتی و پاکسازی فرآیندهای مشکوکبر اساس پایش فرآیندهای فعال، موارد امنیتی زیر تحلیل و رسیدگی شد:• فرآیندهای با شناسه کاربری و الگوهای bash -c echo FISH:: این پروسهها با مصرف بالای CPU و زمان اجرای طولانی شناسایی شدند. این الگوها معمولاً نشاندهنده اسکریپتهای ناشناخته، کانالهای ارتباطی پنهان یا ابزارهای خودکار هستند.• فایل اجرایی محلی ./escd: اجرای فایلهای باینری ناشناس از پوشههای محلی یک تهدید امنیتی جدی بهشمار میرود.• اقدام انجامشده: دستورات توقف اضطراری برای پروسههای مشکوک انجام شده.3. آزادسازی منابع و پاکسازی کش سیستم (Cache Cleanup)برای بازیابی کارایی حافظه رم و پاکسازی اطلاعات موقت انباشتهشده در سطح کرنل.
• نتیجه: PageCache، dentries و inodes از حافظه رم تخلیه شده و منابع آزاد برای فرآیندهای اصلی خوشه فراهم گردید. این تغییرات باعث سهولت کار و افزایش سرعت محیط کاربری سرمد میشود.
4. راهاندازی مجدد و بهینهسازی سرویس ذخیرهساز شبکه (NFS)جهت تضمین پایداری دسترسی گرهها به فایل سیستم اشتراکی و رفع مشکلات احتمالی پاسخگویی، سرویسهای مرتبط با NFS ریاستارت شدند.
5. چهار ند مشکل دار به سرویس بازگشته و اکنون در دسترس کاربران هستند (افزایش ۲۵۶ پروسسور در سامانه)
• نتیجه: ارتباطات وابسته به شبکه فایلاستوریج بازنشانی شده و پایداری اتصال گرهها بازیابی شد.
جزئیات انجام شده و بهینه سازی سامانه توسط ادمین (دکتر آرمین احمدزاده)
پیرو مشکل در عدم دسترسی به نود مستر (و ریست شدن سرور در آخر هفته گذشته) و مشکلات مربوط به دسترسی به فایل ها همراه با تاخیر، بررسی های تخصصی روی وضعیت سرویسهای در حال اجرا، منابع سختافزاری، فرآیندهای مشکوک، وضعیت کش حافظه، سرویس ذخیرهساز شبکه (NFS) و ارتباطات شبکه انجام گرفت. هدف از این گزارش، مستندسازی اقدامات انجامشده برای رفع اشکالات ساختاری، امنیتی و پایداری سیستم است.
1. تحلیل و رفع چالشهای اجرای برنامهها روی نود مستر• شناسایی مشکل: بررسی خروجی پردازندهها حاکی از اجرای مداوم اپلتها و ابزارهای گرافیکی محیط GNOME (مانند wnck-applet، clock-applet، metacity و غیره) با نام کاربری newadmin روی نود مستر بود.• اقدام و نتیجهگیری: در معماری بهینه HPC، نود مستر باید صرفاً به مدیریت صفهای پردازشی (Job Scheduler) و سرویسهای کنترلی اختصاص یابد. اجرای محیط دسکتاپ منابع حیاتی پردازنده و حافظه را اشغال کرده و سطح ریسک امنیتی را بالا میبرد؛ لذا غیرفعالسازی سرویسهای گرافیکی و نشستهای رهاشده (Ghost Sessions) انجام شد.2. ممیزی امنیتی و پاکسازی فرآیندهای مشکوکبر اساس پایش فرآیندهای فعال، موارد امنیتی زیر تحلیل و رسیدگی شد:• فرآیندهای با شناسه کاربری و الگوهای bash -c echo FISH:: این پروسهها با مصرف بالای CPU و زمان اجرای طولانی شناسایی شدند. این الگوها معمولاً نشاندهنده اسکریپتهای ناشناخته، کانالهای ارتباطی پنهان یا ابزارهای خودکار هستند.• فایل اجرایی محلی ./escd: اجرای فایلهای باینری ناشناس از پوشههای محلی یک تهدید امنیتی جدی بهشمار میرود.• اقدام انجامشده: دستورات توقف اضطراری برای پروسههای مشکوک انجام شده.3. آزادسازی منابع و پاکسازی کش سیستم (Cache Cleanup)برای بازیابی کارایی حافظه رم و پاکسازی اطلاعات موقت انباشتهشده در سطح کرنل.
• نتیجه: PageCache، dentries و inodes از حافظه رم تخلیه شده و منابع آزاد برای فرآیندهای اصلی خوشه فراهم گردید. این تغییرات باعث سهولت کار و افزایش سرعت محیط کاربری سرمد میشود.
4. راهاندازی مجدد و بهینهسازی سرویس ذخیرهساز شبکه (NFS)جهت تضمین پایداری دسترسی گرهها به فایل سیستم اشتراکی و رفع مشکلات احتمالی پاسخگویی، سرویسهای مرتبط با NFS ریاستارت شدند.
5. چهار ند مشکل دار به سرویس بازگشته و اکنون در دسترس کاربران هستند (افزایش ۲۵۶ پروسسور در سامانه)
• نتیجه: ارتباطات وابسته به شبکه فایلاستوریج بازنشانی شده و پایداری اتصال گرهها بازیابی شد.
۲۹۳
۴:۴۴
#اطلاع_رسانی
با سلام و احترام
با توجه به سؤالات همکاران در خصوص نحوه استفاده از منابع *GPU، در حال حاضر GPUهای زیر در سامانه قابل استفاده هستند:
━━━━━━━━━━━━━━━━━━
🟢 GPU 4090
Nodeها:
compute-0-24
compute-0-25
compute-0-26
اسکریپت استفاده:
━━━━━━━━━━━━━━━━━━
GPU 2080
Node:
compute-0-20
اسکریپت استفاده:
━━━━━━━━━━━━━━━━━━
🟠 GPU K20X
Nodeها:
compute-1-1
compute-1-0
اسکریپت استفاده:
━━━━━━━━━━━━━━━━━━
نکته مهم
اسکریپتهای بالا، منابع GPU موردنیاز را از PBS درخواست میکنند. دستورات مربوط به اجرای برنامه، کد Python، نرمافزار و سایر محاسبات موردنظر باید پس از این بخش به اسکریپت اضافه شوند.
همچنین با توجه به تفاوت قدرت و امکانات GPUهای موجود، پیشنهاد میشود کاربران متناسب با نیاز محاسباتی خود GPU مناسب را انتخاب کنند.
با توجه به اینکه نحوه استفاده از GPU یکی از سؤالات متداول کاربران سامانه بوده است، امیدواریم این راهنما بتواند در استفاده صحیح و راحتتر از منابع GPU کمککننده باشد.
با تشکر و احترام
سامانه سرمد*
با سلام و احترام
با توجه به سؤالات همکاران در خصوص نحوه استفاده از منابع *GPU، در حال حاضر GPUهای زیر در سامانه قابل استفاده هستند:
━━━━━━━━━━━━━━━━━━
🟢 GPU 4090
compute-0-24
compute-0-25
compute-0-26
#!/bin/bash
#PBS -N MDResPos1
#PBS -l nodes=1:ppn=1:gp4090
#PBS -q gpu_4090
#PBS -j oe
#PBS -o $PBS_JOBID.out
#PBS -e $PBS_JOBID.err
#PBS -l walltime=03:30:00
#PBS -W group_list=gp4090 -A gp4090
cd $PBS_O_WORKDIR
━━━━━━━━━━━━━━━━━━
compute-0-20
#!/bin/bash
#PBS -N MDResPos1
#PBS -l nodes=1:ppn=1:gp2080
#PBS -q gpu_2080
#PBS -j oe
#PBS -o $PBS_JOBID.out
#PBS -e $PBS_JOBID.err
#PBS -l walltime=03:30:00
cd $PBS_O_WORKDIR
━━━━━━━━━━━━━━━━━━
🟠 GPU K20X
compute-1-1
compute-1-0
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N GGG
#PBS -l nodes=1:ppn=1:gpuen
#PBS -q gpu_queue
#PBS -o $PBS_JOBID.out
#PBS -e $PBS_JOBID.error
#PBS -l walltime=00:10:00
cd $PBS_O_WORKDIR
━━━━━━━━━━━━━━━━━━
اسکریپتهای بالا، منابع GPU موردنیاز را از PBS درخواست میکنند. دستورات مربوط به اجرای برنامه، کد Python، نرمافزار و سایر محاسبات موردنظر باید پس از این بخش به اسکریپت اضافه شوند.
همچنین با توجه به تفاوت قدرت و امکانات GPUهای موجود، پیشنهاد میشود کاربران متناسب با نیاز محاسباتی خود GPU مناسب را انتخاب کنند.
با تشکر و احترام
سامانه سرمد*
۳۲۳
۱۷:۲۰
همکاران گرامی،
با توجه به درخواستهای ثبتشده برای ایجاد حساب کاربری در سامانه سرمد (HPC)، به اطلاع میرساند با توجه به نیاز به بازنویسی اسکریپت ایجاد و تنظیم حسابهای کاربری، انجام این فرایند ممکن است *تا یک هفته* به طول بینجامد.
همچنین، در بررسی حسابهای کاربری ایجادشده در سال گذشته مشخص شد بسیاری از این حسابها از دسترسی مناسب و استاندارد برخوردار نیستند. بنابراین، لازم است این حسابها نیز مجدداً ایجاد و تنظیم شوند تا دسترسی کاربران مطابق با نیازمندیهای سامانه و بهصورت صحیح انجام شود.
از همکارانی که درخواست ایجاد حساب کاربری خود را ارسال کردهاند، خواهشمندیم در این مدت شکیبا باشند. پس از تکمیل فرایند، حسابهای جدید ایجاد و حسابهای قبلی نیز اصلاح و مجدداً تنظیم خواهند شد.
از صبر و همکاری شما سپاسگزاریم.
با توجه به درخواستهای ثبتشده برای ایجاد حساب کاربری در سامانه سرمد (HPC)، به اطلاع میرساند با توجه به نیاز به بازنویسی اسکریپت ایجاد و تنظیم حسابهای کاربری، انجام این فرایند ممکن است *تا یک هفته* به طول بینجامد.
همچنین، در بررسی حسابهای کاربری ایجادشده در سال گذشته مشخص شد بسیاری از این حسابها از دسترسی مناسب و استاندارد برخوردار نیستند. بنابراین، لازم است این حسابها نیز مجدداً ایجاد و تنظیم شوند تا دسترسی کاربران مطابق با نیازمندیهای سامانه و بهصورت صحیح انجام شود.
از همکارانی که درخواست ایجاد حساب کاربری خود را ارسال کردهاند، خواهشمندیم در این مدت شکیبا باشند. پس از تکمیل فرایند، حسابهای جدید ایجاد و حسابهای قبلی نیز اصلاح و مجدداً تنظیم خواهند شد.
از صبر و همکاری شما سپاسگزاریم.
۱۳۷
۱۱:۴۹