درود، به کانال «گروه بیوانفورماتیک وانیار» خوش آمدید 🤍
🛟 ماموریت ما در این فضا، پیریزی جامعهای پویا برای متخصصان و علاقهمندان به بیوانفورماتیک است.
در این کانال، منتظر انتشار:
# آموزشهای کاربردی بیوانفورماتیک# دورههای آموزشی وانیار# و اخبار و اطلاعرسانیهای گروه باشید ...
همراه شما هستیم :)
🛟 ماموریت ما در این فضا، پیریزی جامعهای پویا برای متخصصان و علاقهمندان به بیوانفورماتیک است.
در این کانال، منتظر انتشار:# آموزشهای کاربردی بیوانفورماتیک# دورههای آموزشی وانیار# و اخبار و اطلاعرسانیهای گروه باشید ...
همراه شما هستیم :)
۳۲۱۱
اگر میخواهید وارد دنیای واقعی تحلیل دادههای ژنتیکی شوید، فقط آموزش تئوری کافی نیست…
ورود به دنیای واقعی NGS
امروزه آزمایشگاههای ژنتیک و پروژههای تحقیقاتی به متخصصانی نیاز دارند که بتوانند دادههای NGS را از صفر تا تفسیر نهایی واریانتها تحلیل کنند؛ نه صرفاً آشنا با مفاهیم.
به همین دلیل، این دوره طراحی شده تا شما را وارد یک Workflow واقعی و عملی در تحلیل دادههای NGS بالینی کند.
سرفصلهای دوره ورود به دنیای توالییابی نسل جدید (NGS) لینوکس و اصول کار با خط فرمان کنترل کیفیت دادهها (QC) الاینمنت خوانشها (Alignment) تحلیلهای پس از الاینمنت (Post-alignment) فراخوانی واریانتها (Variant Calling) انوتیشن واریانتها (Variant Annotation) فیلترینگ و اولویتبندی واریانتها مصورسازی دادهها تفسیر و گزارش نهایی واریانتها
مدرس دوره: فاطمه نبی زاده (کارشناسی ارشد ژنتیک انسانی - محقق و مدرس بیوانفورماتیک)
ساختار دوره ۱۶ ساعت ویدئوی آموزشی🧪 ۱۴ ساعت تمرین و پروژه عملی مجموعاً ۳۰ ساعت آموزش کاملاً کاربردی
مزایای دوره گواهی پایان دوره همراه با QR Code و لینک تأیید توصیهنامه الکترونیکی منتورینگ تخصصی پشتیبانی ۲۴ ساعته تحت نظارت مدرس تکالیف عملی و آزمونهای ارزیابی ضبط شده با کیفیت HD در استودیو بیوانفورماتیک وانیار امکان خرید اقساطی عدم نیاز به سیستم محاسباتی قدرتمند
هدف این دوره فقط یادگیری ابزارها نیست؛ بلکه شما را وارد مسیر واقعی تحلیل دادههای ژنتیکی میکند تا بتوانید پروژههای NGS را از داده خام تا گزارش نهایی مدیریت کنید.
اگر در مسیر بیوانفورماتیک، ژنتیک بالینی یا پژوهشهای مولکولی هستید، این دوره میتواند نقطه شروع جدی شما باشد.
مشاهده دوره و ثبت نام
ورود به دنیای واقعی NGSامروزه آزمایشگاههای ژنتیک و پروژههای تحقیقاتی به متخصصانی نیاز دارند که بتوانند دادههای NGS را از صفر تا تفسیر نهایی واریانتها تحلیل کنند؛ نه صرفاً آشنا با مفاهیم.
به همین دلیل، این دوره طراحی شده تا شما را وارد یک Workflow واقعی و عملی در تحلیل دادههای NGS بالینی کند.
سرفصلهای دوره ورود به دنیای توالییابی نسل جدید (NGS) لینوکس و اصول کار با خط فرمان کنترل کیفیت دادهها (QC) الاینمنت خوانشها (Alignment) تحلیلهای پس از الاینمنت (Post-alignment) فراخوانی واریانتها (Variant Calling) انوتیشن واریانتها (Variant Annotation) فیلترینگ و اولویتبندی واریانتها مصورسازی دادهها تفسیر و گزارش نهایی واریانتها مدرس دوره: فاطمه نبی زاده (کارشناسی ارشد ژنتیک انسانی - محقق و مدرس بیوانفورماتیک) ساختار دوره ۱۶ ساعت ویدئوی آموزشی🧪 ۱۴ ساعت تمرین و پروژه عملی مجموعاً ۳۰ ساعت آموزش کاملاً کاربردی مزایای دوره گواهی پایان دوره همراه با QR Code و لینک تأیید توصیهنامه الکترونیکی منتورینگ تخصصی پشتیبانی ۲۴ ساعته تحت نظارت مدرس تکالیف عملی و آزمونهای ارزیابی ضبط شده با کیفیت HD در استودیو بیوانفورماتیک وانیار امکان خرید اقساطی عدم نیاز به سیستم محاسباتی قدرتمند هدف این دوره فقط یادگیری ابزارها نیست؛ بلکه شما را وارد مسیر واقعی تحلیل دادههای ژنتیکی میکند تا بتوانید پروژههای NGS را از داده خام تا گزارش نهایی مدیریت کنید.اگر در مسیر بیوانفورماتیک، ژنتیک بالینی یا پژوهشهای مولکولی هستید، این دوره میتواند نقطه شروع جدی شما باشد.
مشاهده دوره و ثبت نام۲۱۱
🧬 ابزار FastQC برای بررسی کیفیت دادههای توالییابی DNA و RNA به کار میرود و به تحلیل سریع، دقیق و استاندارد فایلهای NGS کمک میکند.
مطالعه بیشتر و دانلود نرمافزار:
https://www.vanyarbioinf.ir/fastqc/
#Bioinformatics#NGS#FastQC
مطالعه بیشتر و دانلود نرمافزار:
https://www.vanyarbioinf.ir/fastqc/
#Bioinformatics#NGS#FastQC
۲۲
🟢 ابزار Trimmomatic
یک نرمافزار متنباز برای پیشپردازش دادههای خام توالییابی نسل جدید (NGS) است که با حذف توالیهای آداپتور، برش بازههای کمکیفیت و فیلتر کردن خوانشهای کوتاه یا نامناسب، کیفیت دادهها را پیش از انجام تحلیلهای بیوانفورماتیکی مانند الاینمنت و اسمبل بهبود میبخشد
راهنمای استفاده و دانلود نرمافزار:
https://www.vanyarbioinf.ir/trimmomatic/
#NGS #trimmomatic
یک نرمافزار متنباز برای پیشپردازش دادههای خام توالییابی نسل جدید (NGS) است که با حذف توالیهای آداپتور، برش بازههای کمکیفیت و فیلتر کردن خوانشهای کوتاه یا نامناسب، کیفیت دادهها را پیش از انجام تحلیلهای بیوانفورماتیکی مانند الاینمنت و اسمبل بهبود میبخشد
راهنمای استفاده و دانلود نرمافزار:
https://www.vanyarbioinf.ir/trimmomatic/
#NGS #trimmomatic
۲۲۱۱ جنگلهایی که هر روز زیر آب میروند و دوباره از دل گلولای سر برمیآورند... مانگروها! در ایران، بیشتر این جنگلها از درخت حرا (_Avicennia marina_) تشکیل شدهاند، اما گونهای کمیاب به نام محلی چندل یا مانگرو قرمز (Rhizophora mucronata) تنها در خور آذینی شهرستان سیریک زندگی میکند.🤍 جذابترین تفاوت چندل با حرا، ریشههای کمانی و تکیهگاهی آن است که مانند پاهای یک عنکبوت غولپیکر، تنه درخت را بالاتر از گل نگه میدارند؛ در حالی که حرا با ریشههای هوایی مدادشکلی (پنیوماتوفور) از گلولای تنفس میکند.
این جنگلها فقط زیبا نیستند؛ برگهایشان خوراک دام، چوبشان ارزشمند و ریشههایشان پناهگاهی امن برای ماهیها، میگوها و خرچنگهاست و میزبان پرندگان مهاجر نیز هستند. از همه مهمتر، مانگروها از قدرتمندترین ذخیرهگاههای کربن آبی روی زمین به شمار میروند؛ بهویژه رویشگاههای چندل که کربن بیشتری را در خاک خود برای هزاران سال ذخیره میکنند. این جنگلهای اسرارآمیز مانند یک موجشکن طبیعی از سواحل نیز در برابر فرسایش و طوفان محافظت میکنند.بهمناسبت روز بینالمللی حفاظت از اکوسیستم مانگرو
۲۱۱۱
فرکتال؛ ریاضیِ زنده
طبیعت پر از الگوهاییه که در نگاه اول بینظم به نظر میرسن، اما پشت پیچیدگیهاشون، ریاضیاتِ شگفتانگیزی پنهان شده.
فرکتالها (Fractals) ساختارهایی هستن که الگوشون در مقیاسهای مختلف تکرار میشه؛ ویژگیای که خودشباهتی یا Self-similarity نامیده میشه. شاخههای درخت، ریشهها، شبکه رگهای خونی، مسیرهای هوایی ریه و حتی شاخههای دندریت نورونها نمونههایی از ساختارهای شبهفرکتالی (Fractal-like) تو زیستشناسی هستن.
اما چطور پیچیدگی چنین ساختارهایی رو اندازه میگیریم؟ با بُعد فرکتالی (Fractal Dimension)؛ عددی که نشون میده یک ساختار تا چه اندازه پیچیده و فضاپُرکنه.
مثال مشهور دیگه که خیلی جالبه، پارادوکس خط ساحلیه: هرچی خطکش اندازهگیری کوچکتر باشه، پیچوخمهای بیشتری از ساحل دیده میشه و طول اندازهگیریشده افزایش پیدا میکنه!
این رفتار با مفاهیمی مثل Scaling و قوانین توانی (Power Laws) مرتبطه.
🪽 به این ترتیب، ریاضی میتونه پیچیدگی ظاهری طبیعت رو به عدد و الگو تبدیل کنه
🪴
طبیعت پر از الگوهاییه که در نگاه اول بینظم به نظر میرسن، اما پشت پیچیدگیهاشون، ریاضیاتِ شگفتانگیزی پنهان شده. فرکتالها (Fractals) ساختارهایی هستن که الگوشون در مقیاسهای مختلف تکرار میشه؛ ویژگیای که خودشباهتی یا Self-similarity نامیده میشه. شاخههای درخت، ریشهها، شبکه رگهای خونی، مسیرهای هوایی ریه و حتی شاخههای دندریت نورونها نمونههایی از ساختارهای شبهفرکتالی (Fractal-like) تو زیستشناسی هستن. اما چطور پیچیدگی چنین ساختارهایی رو اندازه میگیریم؟ با بُعد فرکتالی (Fractal Dimension)؛ عددی که نشون میده یک ساختار تا چه اندازه پیچیده و فضاپُرکنه. مثال مشهور دیگه که خیلی جالبه، پارادوکس خط ساحلیه: هرچی خطکش اندازهگیری کوچکتر باشه، پیچوخمهای بیشتری از ساحل دیده میشه و طول اندازهگیریشده افزایش پیدا میکنه! این رفتار با مفاهیمی مثل Scaling و قوانین توانی (Power Laws) مرتبطه.🪽 به این ترتیب، ریاضی میتونه پیچیدگی ظاهری طبیعت رو به عدد و الگو تبدیل کنه
🪴۶